両種とも形がよく似ていますが、背側線が鼓膜の後ろで背中の中心へ曲がっているのがヤマアカガエル、まっすぐで、鼓膜の後ろでもほとんど曲がらないのがニホンアカガエルです。また、ニホンアカガエルでは背側線が地色より淡い色になっていることが多いようです。
